Jesienią 2005 roku, po tym jak odważył się poruszyć na forum międzynarodowym temat masowych mordów dokonanych przez Turków na Ormianach i Kurdach na początku XX wieku, wytoczono mu proces o "obrazę narodu tureckiego".
W wywiadzie dla jednego ze szwajcarskich dzienników w lutym 2005
roku Pamuk powiedział: "30 tys. Kurdów i milion Ormian zostało
zamordowanych w XX wieku w Turcji, ale nikt poza mną nie ma odwagi
o tym mówić". Te właśnie wypowiedzi stały się podstawą oskarżenia
Pamuka o obrazę narodu tureckiego.
W podobnej sytuacji jest ponad 60 pisarzy i dziennikarzy tureckich. W nowym, obowiązującym od ponad roku tureckim kodeksie karnym znalazł się przepis przewidujący do trzech lat więzienia za "obrazę narodu tureckiego". Przestępstwo takie ścigane jest z urzędu.
Proces Pamuka odbił się szerokim echem na świecie. Parlament Europejski zapowiedział, że wyśle na rozprawy swojego obserwatora. Protestowali pisarze z całego świata m.in. Jose Saramago, Gabriel Marcia Marquez, Umberto Eco, Carlos Fuentes, Mario Varga Llosa. Ostatecznie w styczniu tego roku sprawę umorzono.
Podczas procesu na ulicach Stambułu palono książki noblisty, a po kolejnej z rozpraw tłum zaatakował samochód pisarza. Pamuk nie dał się jednak zastraszyć i nadal otwarcie krytykował sytuację polityczną w Turcji. W październiku 2005 roku w wywiadzie dla "Die Welt" Pamuk powiedział: "Nie uważam, żeby zagrożeniem dla demokracji była sprawująca władzę, identyfikująca się z wartościami islamu, partia Sprawiedliwości i Rozwoju. Zagrożenie płynie ze strony armii, która hamuje demokratyczne reformy".
Pamuk zawsze był zaangażowany w politykę. Był pierwszym pisarzem
świata muzułmańskiego, który odważył się potępić fatwę nałożoną przez ajatollacha Chomeiniego na Salmana Rushdiego.