Bugaj jest trzecim dyrektorem teatru, obok dyrektora naczelnego -
Janusza Pietkiewicza i dyrektora artystycznego Ryszarda
Karczykowskiego.
Jest absolwentem studiów dyrygenckich pod kierunkiem Stanisława Wisłockiego w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Warszawie. Studiował też muzykologię na Uniwersytecie Warszawskim.
Jest laureatem międzynarodowych konkursów: w 1976 otrzymał
nagrodę specjalną na konkursie dyrygenckim im. Marinuzziego w San Remo, w 1978 - I nagrodę na konkursie dyrygenckim w Bristolu w Wielkiej Brytanii.
Między 1974 a 1988 rokiem stale współpracował z Warszawską Operą Kameralną, gdzie przeszedł wszystkie etapy zawodowe - od asystenta do pierwszego dyrygenta i dyrektora muzycznego.
Równocześnie (w latach 1980-84) pełnił funkcję dyrektora
artystycznego Filharmonii Pomorskiej w Bydgoszczy. Od 1987 do 1990 roku był dyrektorem artystycznym Filharmonii im. Artura
Rubinsteina w Łodzi, zaś w 1998 r. został powołany na stanowisko
dyrektora artystycznego Filharmonii Krakowskiej. Funkcję tę pełnił
do końca 2005 r.
Bugaj jest także pedagogiem. Od 1997 prowadzi klasę dyrygentury w Akademii Muzycznej w Krakowie, gdzie w latach 2000-2005 był także kierownikiem katedry dyrygentury. Jest również profesorem Akademii Muzycznej w Warszawie.
Tomasz Bugaj dyrygował orkiestrami w Polsce (m.in. Orkiestrą
Filharmonii Narodowej, Wielką Orkiestrą Symfoniczną Polskiego
Radia, Sinfonią Varsovią, Orkiestrą Filharmonii Krakowskiej,
Orkiestrą Polskiego Radia w Krakowie) oraz w Rosji, Niemczech,
Wielkiej Brytanii, Irlandii, Austrii, Finlandii, Norwegii, Hiszpanii, Stanach Zjednoczonych, Chile.
Prowadził też spektakle w teatrach operowych w Warszawie, Łodzi, Poznaniu, Bilbao i Leeds.
