Zbiór liczący ok. 100 tys. książek i czasopism, głównie o tematyce filozoficzno-teologicznej, nie jest dostępny dla wszystkich czytelników. Skorzystać z niego można tylko w wyjątkowych celach, np. do badań naukowych, i to za specjalnym pozwoleniem ojców franciszkanów. Ze zbioru mogą też korzystać studenci Wyższego Seminarium Duchownego, które działa przy franciszkańskim klasztorze.
Księgi znajdują się w klasztornych murach od początku jego istnienia, czyli od 1237 r. Wiele z cennych rękopisów i starodruków spłonęło w pożarze, który spustoszył Kraków w 1850 r. Zachowane i pozyskane od zakonów franciszkańskich z innych miast księgozbiory mają swoje miejsce w wydzielonej, klasztornej bibliotece, która jednak wymagała remontu i rozbudowy.
Za ok. półtora roku powinna zakończyć się renowacja istniejących już pomieszczeń biblioteki, a także prace przy budowie nowego czterokondygnacyjnego skrzydła.
Franciszkanie mają nadzieję, że również za półtora roku zakończy się konserwacja ksiąg, której obecnie poddanych jest 2 tys. z 6 tys. zaplanowanych do odnowienia egzemplarzy. "Na razie konserwujemy te najcenniejsze dzieła lub te najbardziej zniszczone. Te 6 tys. ksiąg nigdy nie było udostępnionych czytelnikom. Nawet franciszkanie mieli utrudniony dostęp do nich" - powiedział PAP franciszkanin, o. Łukasz Brachaczek.
Zapowiedział również, że w przyszłości część księgozbioru będzie udostępniona wszystkim czytelnikom. "Chcemy umożliwić korzystanie z naszego zbioru, ponieważ obserwujemy spore zainteresowanie nim. Od dawna przychodzą lub dzwonią do nas ludzie z prośbą o konkretne tytuły, a my musimy im odmawiać" - mówił franciszkanin.
Dodał, że biblioteka i czytelnia, jeśli finanse pozwolą, będą działały elektronicznie. "Obecnie, dzięki pracy zawodowego bibliotekarza, Magdaleny Pidłypczak-Mirek, wdrażane są nowe programy, umożliwiające łatwiejsze katalogowanie i wypożyczanie zbiorów. Zamierzamy podjąć prace nad digitalizacją" - powiedział o. Łukasz Brachaczek.
Póki co, na stronie internetowej biblioteki można obejrzeć dwa unikalne zbiory franciszkanów: antyfonarz (zbiór antyfon, czyli wersów Pisma Świętego, służących do modlitwy) z 1743 r. i graduał (śpiewnik) z 1499 r.
Antyfonarz jest efektem reformy liturgicznej franciszkanów z 1743 r. Został skomponowany przez o. Antonio Azzoguidiego z Włoch. Zawiera oficja i części mszy o świętych franciszkańskich, ma też rubrykę mówiącą o sposobie śpiewania oficjum w zakonie franciszkanów. Oprawę ze skóry zdobią mosiężne okucia wraz z rozetą na środku oprawy. Księgę zabezpiecza ozdobna klamra.
Autorem graduału jest Franciscus de Brugis, franciszkanin i teoretyk muzyki. Graduał jest inkunabułem wydrukowanym w Wenecji w 1499 r. Księga znajdująca się we franciszkańskiej bibliotece zawiera m.in. śpiewy o świętych, śpiewy za zmarłych, o Matce Bożej. Na skórzanej oprawie księgi znajdują się zdobienia roślinne.
Konserwację ksiąg współfinansuje Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Remont biblioteki finansuje krakowska prowincja Zakonu Braci Mniejszych Konwentualnych. Franciszkanie mają też nadzieję, że realizację obu przedsięwzięć wesprą prywatni sponsorzy.
